gih.fragment.scaling

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.14.16%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20BRC%20Fragment%20Analysis%20Scaled%20Concentrations%0A%20%20%20%20This%20worksheet%20will%20scale%20the%20concentration%20of%20your%20DNA%20samples%20based%20on%20the%20proportion%20of%20representation%20of%20your%20target%20fragment%20interval%20as%20determined%20by%20fragment%20analysis.%20In%20other%20words%2C%20given%20the%20fragment%20analysis%20results%2C%20your%20target%20interval%2C%20and%20the%20original%20concentrations%20of%20your%20samples%20(or%20pools)%2C%20this%20worksheet%20will%20calculate%20the%20%22effective%22%20concentration%20of%20the%20DNA%20you%20want%20to%20sequence.%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20%23import%20os%0A%20%20%20%20%23import%20pyarrow%0A%20%20%20%20%23from%20pathlib%20import%20Path%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%0A%20%20%20%20example_table%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%7C%20Well%20%7C%20Sample%20ID%20%7C%20Range%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%20ng%2FuL%20%20%7C%20%25%20Total%20%7C%20nmole%2FL%20%7C%20Avg.%20Size%20%7C%20%25CV%20%20%20%7C%20Size%20Threshold%20(b.p.)%20%7C%20DQN%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%3A-----%7C%3A----------%7C%3A------------------%7C%3A-------%7C%3A--------%7C%3A--------%7C%3A----------%7C%3A------%7C%3A----------------------%7C%3A----%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%2010%20bp%20to%20100%20bp%20%20%20%7C%200.4294%20%7C%206.8%20%20%20%20%20%7C%2014.9616%20%7C%2047%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%2021.23%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%20100%20bp%20to%20450%20bp%20%20%7C%200.0312%20%7C%200.5%20%20%20%20%20%7C%200.2444%20%20%7C%20210%20%20%20%20%20%20%20%7C%207.45%20%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%20450%20bp%20to%20800%20bp%20%20%7C%202.4305%20%7C%2038.5%20%20%20%20%7C%206.9599%20%20%7C%20575%20%20%20%20%20%20%20%7C%2016.43%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%20800%20bp%20to%205500%20bp%20%7C%200.6945%20%7C%2011.0%20%20%20%20%7C%200.9207%20%20%7C%201242%20%20%20%20%20%20%7C%2049.03%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%2010%20bp%20to%20100%20bp%20%20%20%7C%200.4318%20%7C%204.8%20%20%20%20%20%7C%2015.2126%20%7C%2046%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%2024.69%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%20100%20bp%20to%20450%20bp%20%20%7C%203.579%20%20%7C%2039.4%20%20%20%20%7C%2016.2973%20%7C%20361%20%20%20%20%20%20%20%7C%2014.84%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%20450%20bp%20to%20800%20bp%20%20%7C%203.5493%20%7C%2039.1%20%20%20%20%7C%2010.0215%20%7C%20583%20%20%20%20%20%20%20%7C%2016.55%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%20800%20bp%20to%205500%20bp%20%7C%201.4898%20%7C%2016.4%20%20%20%20%7C%201.9335%20%20%7C%201268%20%20%20%20%20%20%7C%2044.82%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20example_table%2C%20io%2C%20mo%2C%20pd%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(example_table%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Import%20Data%0A%20%20%20%20Use%20the%20file%20importer%20below%20to%20load%20the%20data%20from%20the%20CSV%20file%20that%20was%20provided%20to%20you%20by%20the%20BRC%20from%20the%20fragment%20analyzer.%20Then%2C%20choose%20which%20row%20(within%20sample%20rows)%20has%20the%20fragment%20size%20interval%20you%20are%20interested%20in%20performing%20a%20scaled%20concentration%20correction%20on.%20In%20the%20example%20table%20below%2C%20if%20you%20were%20interested%20in%20the%20%60Range%60%20450bp%20to%20800bp%2C%20that%20would%20be%20row%203%20of%20%60sample_1%60.%20This%20value%20is%20expected%20to%20be%20consistent%20across%20all%20samples%2C%20meaning%20interval%20450-800%20would%20also%20be%20the%203rd%20row%20for%20%60sample_2%60%2C%20etc.%0A%0A%20%20%20%20%7Bmo.accordion(%7B%22Example%20CSV%20File%22%3A%20example_table%7D)%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pd)%3A%0A%20%20%20%20def%20process_sample(group%2C%20_rownum%2C%20picomoles)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_row%20%3D%20group.iloc%5B_rownum.value%20-1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20corrected_sum%20%3D%20group%5B'ng%2F%C2%B5L'%5D.iloc%5B1%3A%5D.sum()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_conc%20%3D%20target_row%5B'ng%2F%C2%B5L'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_size%20%3D%20target_row%5B'Avg.%20Size'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sample_id%20%3D%20target_row%5B'Sample%20ID'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20corrected_smear%20%3D%20target_conc%2Fcorrected_sum%0A%20%20%20%20%20%20%20%20quant%20%3D%20target_row%5B'concentration%20(ng%2F%C2%B5L)'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nM%20%3D%20(quant%20*%20corrected_smear)%20%2F%20(target_size%20*%20660)%20*%201000000%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20nM%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vol_to_pool%20%3D%20picomoles%20%2F%20nM%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vol_to_pool%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ng_primary_lib%20%3D%20quant%20*%20vol_to_pool%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pd.Series(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Sample%20ID'%3A%20sample_id%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Avg.Size'%3A%20target_size%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%25%20of%20Total%20Conc.'%3A%20round(corrected_smear%20*%20100%2C1)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Window%20ng%2F%C2%B5L'%3A%20round(target_conc%2C3)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Sample%20ng%2F%C2%B5L'%3A%20quant%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Est.%20nM'%3A%20round(nM%2C%202)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Corrected%20ng%2F%C2%B5L'%3A%20round(quant%20*%20corrected_smear%2C3)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Volume%20to%20Pool'%3A%20round(vol_to_pool%2C%202)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'ng%20Primary%20Library'%3A%20round(ng_primary_lib%2C%201)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20return%20(process_sample%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20file_import%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22area%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%20%3D%20%5B%22.csv%22%2C%20%22.CSV%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Drag%20and%20drop%20the%20fragment%20analysis%20CSV%20file%20here%2C%20or%20click%20to%20open%20file%20browser%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20file_import%0A%20%20%20%20return%20(file_import%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20io%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20wait_text%20%3D%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%20admonition%7C%20Input%20file%20required.%0A%0A%20%20%20%20Cannot%20proceed%20without%20a%20CSV%20being%20uploaded%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20mo.stop(not%20file_import.value%2C%20mo.md(wait_text))%0A%0A%20%20%20%20contents%20%3D%20io.BytesIO(file_import.value%5B0%5D.contents)%0A%20%20%20%20df%20%3D%20pd.read_csv(contents)%0A%20%20%20%20df.rename(columns%20%3D%20%7B'ng%2FuL'%20%3A%20'ng%2F%C2%B5L'%7D%2C%20inplace%20%3D%20True)%0A%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sorted(list(df.columns))%20!%3D%20sorted(%5B'Well'%2C%20'Sample%20ID'%2C%20'Range'%2C%20'ng%2F%C2%B5L'%2C%20'%25%20Total'%2C%20'nmole%2FL'%2C'Avg.%20Size'%2C%20'%25CV'%2C%20'Size%20Threshold%20(b.p.)'%2C%20'DQN'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20output%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%20warning%7C%20Unrecognized%20input%20file%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20The%20input%20file%20for%20this%20worksheet%20is%20expected%20to%20have%20a%20specific%20format.%20It%20is%20expected%20to%20have%20these%20columns%2C%20regardless%20of%20order%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7CWell%20%7C%20Sample%20ID%20%7C%20Range%20%7C%20ng%2F%C2%B5L%20%7C%20%25%20Total%20%7C%20nmole%2FL%20%7C%20Avg.%20Size%20%7C%20%25CV%20%7C%20Size%20Threshold%20(b.p.)%20%7C%20DQN%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%2F%2F%2F%20admonition%20%7C%20First%20row%20skipped%0A%0A%20%20%20%20Be%20aware%20that%20the%20first%20row%20of%20each%20sample%2C%20usually%2010bp-100bp%20is%20skipped%20in%20the%20calculations%20below.%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df)%3A%0A%20%20%20%20sample_id%20%3D%20list(set(df%5B'Sample%20ID'%5D))%0A%20%20%20%20intervals%20%3D%20list(set(df%5B'Range'%5D))%0A%20%20%20%20return%20(intervals%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df)%3A%0A%20%20%20%20df%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20input_header%20%3D%20mo.md(%22%23%23%20Sample%20Concentrations%5Cn%5CnUsing%20this%20interactive%20form%2C%20include%20the%20concentrations%20for%20each%20sample%20in%20**ng%2F%C2%B5L**%20(nanograms%20per%20microliter).%22)%0A%20%20%20%20return%20(input_header%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20input_header%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20def%20unique(sequence)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20seen%20%3D%20set()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5Bx%20for%20x%20in%20sequence%20if%20not%20(x%20in%20seen%20or%20seen.add(x))%5D%0A%20%20%20%20samples_id%20%3D%20unique(df%5B'Sample%20ID'%5D)%0A%0A%20%20%20%20quants_df%20%3D%20mo.ui.data_editor(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd.DataFrame(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Sample%20ID'%20%3A%20list(samples_id)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'concentration%20(ng%2F%C2%B5L)'%3A%20%5B0.0%20for%20i%20in%20range(len(samples_id))%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Add%20sample%20concentrations%20here%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Binput_header%2Cquants_df%5D)%0A%20%20%20%20return%20(quants_df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(intervals%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20rownumber%20%3D%20mo.ui.number(start%3D1%2C%20stop%3Dlen(intervals)%2C%20label%3D%22Row%20number%20of%20target%20Range%20within%20each%20sample%22)%0A%20%20%20%20target_pmol%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%2015.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%20%3D%2050.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_input%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Target%20**picomoles**%20for%20final%20Libraries%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20rownumber%2C%20target_pmol%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20mo%2C%20rownumber%2C%20target_pmol)%3A%0A%20%20%20%20interval%20%3D%20df%5B'Range'%5D%5Brownumber.value%20-%201%5D%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Brownumber%2C%20mo.md(f%22Range%3A%20%7Binterval%7D%22)%5D%2C%20justify%20%3D%20'start')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_pmol%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20(interval%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20interval%2C%20mo%2C%20process_sample%2C%20quants_df%2C%20rownumber%2C%20target_pmol)%3A%0A%20%20%20%20df_with_conc%20%3D%20df.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20quants_df.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20left_on%3D'Sample%20ID'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20right_on%3D'Sample%20ID'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D%22left%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20calc_table%20%3D%20df_with_conc.groupby('Well').apply(lambda%20group%3A%20process_sample(group%2C%20rownumber%2Ctarget_pmol.value)%2C%20include_groups%3DFalse)%0A%20%20%20%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20calc_table%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pagination%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selection%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_data_types%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20freeze_columns_left%20%3D%20%5B%22Sample%20ID%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20f%22%23%23%20Scaled%20Concentrations%5Cn%5CnThis%20table%20scales%20the%20concentrations%20you%20input%20above%20with%20the%20proportion%20of%20the%20sample%20with%20the%20target%20Range%20(%7Binterval%7D)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(calc_table%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(not%20file_import.value)%0A%20%20%20%20elution_vol%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%2020%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%20%3D%20100%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%20%3D%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_input%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Volume%20to%20elute%20in%20(%C2%B5L)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20elution_vol%0A%20%20%20%20return%20(elution_vol%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(calc_table%2C%20elution_vol%2C%20mo%2C%20target_pmol)%3A%0A%20%20%20%20total_vol%20%3D%20calc_table%5B'Volume%20to%20Pool'%5D.sum()%0A%20%20%20%20total_ng%20%3D%20calc_table%5B'ng%20Primary%20Library'%5D.sum()%0A%20%20%20%20total_pM%20%3D%20target_pmol.value%20*%20len(calc_table.index)%0A%0A%20%20%20%20pool_ngul%20%3D%200%20if%20total_vol%20%3D%3D%200%20else%20round(total_ng%20%2F%20total_vol%2C1)%0A%20%20%20%20pool_uM%20%3D%200%20if%20total_vol%20%3D%3D%200%20else%20total_pM%20%2F%20total_vol%0A%20%20%20%20recovery%20%3D%20round(pool_uM%20*%20total_vol%20%2F%20elution_vol.value%2C%202)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Final%20Pooling%20Metrics%0A%0A%20%20%20%20Total%20Volume%20of%20Pool%20(%C2%B5L)%3A%20**%7Bround(total_vol%2C2)%7D**%0A%0A%20%20%20%20Total%20ng%20Across%20Pools%3A%20**%7Btotal_ng%7D**%0A%0A%20%20%20%20Pool%20ng%2F%C2%B5L%20%3A%20**%7Bpool_ngul%7D**%0A%0A%20%20%20%20Total%20pM%20across%20intervals%3A%20**%7Btotal_pM%7D**%0A%0A%20%20%20%20%C2%B5M%20Per%20Pool%20across%20intervals%20%3A%20**%7Bround(pool_uM%2C1)%7D**%0A%0A%20%20%20%20%C2%B5M%20Per%20Pool%20assuming%20100%25%20recovery%3A%20**%7Brecovery%7D**%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A