Fragment Analysis Library Pooling

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.12%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%3E%3D0.22.0%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.22.0%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22%2C%20app_title%3D%22Fragment%20Analysis%20Library%20Pooling%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20re%0A%20%20%20%20from%20sklearn.linear_model%20import%20LinearRegression%0A%20%20%20%20import%20statsmodels.formula.api%20as%20smf%0A%0A%20%20%20%20example_table%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%7C%20Well%20%7C%20Sample%20ID%20%7C%20Range%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%20ng%2FuL%20%20%7C%20%25%20Total%20%7C%20nmole%2FL%20%7C%20Avg.%20Size%20%7C%20%25CV%20%20%20%7C%20Size%20Threshold%20(b.p.)%20%7C%20DQN%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%3A-----%7C%3A----------%7C%3A------------------%7C%3A-------%7C%3A--------%7C%3A--------%7C%3A----------%7C%3A------%7C%3A----------------------%7C%3A----%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%2010%20bp%20to%20100%20bp%20%20%20%7C%200.4294%20%7C%206.8%20%20%20%20%20%7C%2014.9616%20%7C%2047%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%2021.23%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%20100%20bp%20to%20450%20bp%20%20%7C%200.0312%20%7C%200.5%20%20%20%20%20%7C%200.2444%20%20%7C%20210%20%20%20%20%20%20%20%7C%207.45%20%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%20450%20bp%20to%20800%20bp%20%20%7C%202.4305%20%7C%2038.5%20%20%20%20%7C%206.9599%20%20%7C%20575%20%20%20%20%20%20%20%7C%2016.43%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F2%20%20%20%7C%20sample_1%20%20%7C%20800%20bp%20to%205500%20bp%20%7C%200.6945%20%7C%2011.0%20%20%20%20%7C%200.9207%20%20%7C%201242%20%20%20%20%20%20%7C%2049.03%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.6%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%2010%20bp%20to%20100%20bp%20%20%20%7C%200.4318%20%7C%204.8%20%20%20%20%20%7C%2015.2126%20%7C%2046%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%2024.69%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%20100%20bp%20to%20450%20bp%20%20%7C%203.579%20%20%7C%2039.4%20%20%20%20%7C%2016.2973%20%7C%20361%20%20%20%20%20%20%20%7C%2014.84%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%20450%20bp%20to%20800%20bp%20%20%7C%203.5493%20%7C%2039.1%20%20%20%20%7C%2010.0215%20%7C%20583%20%20%20%20%20%20%20%7C%2016.55%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20F3%20%20%20%7C%20sample_2%20%20%7C%20800%20bp%20to%205500%20bp%20%7C%201.4898%20%7C%2016.4%20%20%20%20%7C%201.9335%20%20%7C%201268%20%20%20%20%20%20%7C%2044.82%20%7C%20300%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%208.8%20%7C%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%0A%20%20%20%20sample_table%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%7C%20Sample%20%7C%20Conc%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%3A-------%7C%3A-----%7C%0A%20%20%20%20%7C%20sample_1%20%7C%201.2%20%7C%0A%20%20%20%20%7C%20sample_2%20%7C%200.74%20%7C%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20LinearRegression%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20example_table%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20io%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20re%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sample_table%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pd%2C%20re)%3A%0A%20%20%20%20def%20process_sample(group%2C%20target_identifier%2C%20all_intervals)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_row%20%3D%20group%5Bgroup%5B'Range'%5D%20%3D%3D%20target_identifier%5D.iloc%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20corrected_sum%20%3D%20group%5Bgroup%5B'Range'%5D%20!%3D%20all_intervals%5B0%5D%5D%5B'ng%2F%C2%B5L'%5D.sum()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_conc%20%3D%20target_row%5B'ng%2F%C2%B5L'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_size%20%3D%20target_row%5B'Avg.%20Size'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sample_id%20%3D%20target_row%5B'Sample%20ID'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20corrected_smear%20%3D%20target_conc%2Fcorrected_sum%0A%20%20%20%20%20%20%20%20quant%20%3D%20target_row%5B'concentration%20(ng%2F%C2%B5L)'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nM%20%3D%20(quant%20*%20corrected_smear)%20%2F%20(target_size%20*%20660)%20*%201000000%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20pd.Series(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Sample%20ID'%3A%20sample_id%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Avg.Size'%3A%20target_size%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%25%20of%20Total%20Conc.'%3A%20round(corrected_smear%20*%20100%2C1)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Window%20ng%2F%C2%B5L'%3A%20round(target_conc%2C3)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Sample%20ng%2F%C2%B5L'%3A%20quant%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Est.%20nM'%3A%20round(nM%2C%202)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Corrected%20ng%2F%C2%B5L'%3A%20round(quant%20*%20corrected_smear%2C3)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%0A%0A%20%20%20%20def%20natural_sort(l)%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20convert%20%3D%20lambda%20text%3A%20int(text)%20if%20text.isdigit()%20else%20text.lower()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alphanum_key%20%3D%20lambda%20key%3A%20%5Bconvert(c)%20for%20c%20in%20re.split('(%5B0-9%5D%2B)'%2C%20key)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20sorted(l%2C%20key%3Dalphanum_key)%0A%0A%20%20%20%20return%20natural_sort%2C%20process_sample%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20file_import%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22area%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%20%3D%20%5B%22.csv%22%2C%20%22.CSV%22%2C%20%22.Csv%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Import%20fragment%20analysis%20CSV%20file%20here%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20samples_import%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22button%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%20%3D%20%5B%22.csv%22%2C%20%22.CSV%22%2C%20%22.Csv%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Import%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20sampleheaders%20%3D%20mo.ui.switch(value%3D%20True%2C%20label%20%3D%20%22Sample%20file%20has%20column%20headers%22)%0A%20%20%20%20return%20file_import%2C%20sampleheaders%2C%20samples_import%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20mo%2C%20sampleheaders%2C%20samples_import)%3A%0A%20%20%20%20mo.sidebar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md('%23%20Frag-Scaled%20Molarity%5CnThis%20worksheet%20scales%20the%20concentration%2Fmolarity%20of%20samples%20with%20the%20proportional%20to%20your%20target%20fragment%20interval%20as%20determined%20by%20fragment%20analysis.')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.md(%22%23%23%23%20Sample%20concentrations%22)%2Csamples_import%2C%20sampleheaders%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20file_import%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20footer%20%3D%20mo.md('%3Cimg%20src%3D%22public%2Fgih_logo.png%22%20width%3D%22200%22%20%2F%3E%5Cn%5CnMade%20with%20%E2%9D%A4%EF%B8%8F%20for%20%F0%9F%A7%AC')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20sample_table%2C%20samples_import)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20%7B'%E2%96%B7'%20if%20not%20samples_import.value%20else%20'%E2%9C%85'%7D%20Import%20Sample%20Concentrations%0A%20%20%20%20Using%20the%20left%20sidebar%2C%20import%20a%20CSV%20file%20of%20samples%20and%20their%20concentrations.%20This%20file%20should%20%20at%20minimum%20feature%20samples%20used%20in%20the%20fragment%20analysis.%0A%0A%20%20%20%20%7Bmo.accordion(%7B%22%F0%9F%94%8D%EF%B8%8E%20Example%20Sample%20Concentration%20File%22%20%3A%20sample_table%7D)%7D%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20io%2C%20mo%2C%20pd%2C%20sampleheaders%2C%20samples_import)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20not%20samples_import.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%2F%2F%2F%20admonition%7C%20Sample%20file%20required%5Cn%5CnCannot%20proceed%20until%20the%20file%20is%20uploaded%5Cn%2F%2F%2F%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sampdf%20%3D%20pd.read_csv(io.BytesIO(samples_import.value%5B0%5D.contents)%2C%20header%3D%200%20if%20sampleheaders.value%20else%20None)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sampdf.columns%20%3D%20%5Bi.lower()%20for%20i%20in%20sampdf.columns%5D%0A%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20is_err%20%3D%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20err_md%20%3D%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%20error%7C%20Invalid%20input%20file%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20The%20%60pandas%60%20parser%20failed%20to%20read%20the%20input%20file.%20Please%20check%20that%20it%20conforms%20to%20a%20tabular%20comma%20delimited%20file.%20The%20first%20200%20bytes%20of%20the%20uploaded%20file%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20is_err%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.vstack(%5Berr_md%2C%20mo.md(f%22%60%60%60%5Cn%7Bfile_import.value%5B0%5D.contents%5B%3A200%5D%7D%5Cn%60%60%60%22)%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(sampdf%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(example_table%2C%20file_import%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%23%23%20%7B'%E2%96%B7'%20if%20not%20file_import.value%20else%20'%E2%9C%85'%7D%20Import%20Smear%20Analysis%5CnUsing%20the%20left%20sidebar%2C%20import%20the%20CSV%20file%20that%20was%20provided%20to%20you%20by%20the%20BRC%20from%20the%20fragment%20analyzer.%20Then%2C%20choose%20which%20fragment%20size%20interval%20you%20are%20interested%20in%20performing%20a%20scaled%20concentration%20correction%20on.%22%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.accordion(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%F0%9F%94%8D%EF%B8%8E%20Example%20Fragment%20Analyzer%20CSV%20File%22%3A%20example_table%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%E2%9A%A0%EF%B8%8F%20Notes%20and%20Considerations%22%20%3A%20mo.md(%22**First%20row%20skipped**%3A%20Be%20aware%20that%20the%20first%20interval%20(sorted%20alphanumerically)%20of%20each%20sample%2C%20usually%2010bp-100bp%2C%20is%20skipped%20in%20the%20calculations%20below.%5Cn%5Cn**Singletons%20skipped**%3A%20Rows%20with%20a%20%60Sample%20ID%60%20that%20only%20appears%20once%20are%20removed%20(e.g.%20a%20ladder%2C%20samples%20from%20a%20different%20run).%5Cn%5Cn**Consistency**%3A%20The%20target%20range%20is%20expected%20to%20be%20consistent%20across%20all%20samples.%22)%7D)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20io%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20not%20file_import.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22%2F%2F%2F%20admonition%7C%20Smear%20analysis%20file%20required%5Cn%5CnCannot%20proceed%20until%20the%20file%20is%20uploaded%5Cn%2F%2F%2F%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20df%20%3D%20pd.read_csv(io.BytesIO(file_import.value%5B0%5D.contents))%0A%20%20%20%20df.rename(columns%20%3D%20%7B'ng%2FuL'%20%3A%20'ng%2F%C2%B5L'%7D%2C%20inplace%20%3D%20True)%0A%20%20%20%20df%20%3D%20df%5Bdf%5B'Sample%20ID'%5D.duplicated(keep%3DFalse)%5D%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sorted(list(df.columns))%20!%3D%20sorted(%5B'Well'%2C%20'Sample%20ID'%2C%20'Range'%2C%20'ng%2F%C2%B5L'%2C%20'%25%20Total'%2C%20'nmole%2FL'%2C'Avg.%20Size'%2C%20'%25CV'%2C%20'Size%20Threshold%20(b.p.)'%2C%20'DQN'%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20output%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%20error%7C%20Unrecognized%20input%20file%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20The%20input%20file%20for%20this%20worksheet%20is%20expected%20to%20have%20a%20specific%20format.%20It%20is%20expected%20to%20have%20these%20columns%2C%20regardless%20of%20order%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7CWell%20%7C%20Sample%20ID%20%7C%20Range%20%7C%20ng%2F%C2%B5L%20%7C%20%25%20Total%20%7C%20nmole%2FL%20%7C%20Avg.%20Size%20%7C%20%25CV%20%7C%20Size%20Threshold%20(b.p.)%20%7C%20DQN%20%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%3A---%7C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20mo%2C%20natural_sort%2C%20sampdf)%3A%0A%20%20%20%20intervals%20%3D%20natural_sort(set(df%5B'Range'%5D))%0A%20%20%20%20target_range%20%3D%20mo.ui.radio(intervals%2C%20value%20%3D%20intervals%5B-2%5D%2C%20inline%20%3D%20True)%0A%0A%20%20%20%20colnames%20%3D%20mo.ui.array(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.dropdown(options%3Dlist(sampdf.columns)%2C%20label%3Df%22Sample%20Names%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.dropdown(options%3Dlist(sampdf.columns)%2C%20label%3Df%22Concentration%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Column%20Names%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20colnames%2C%20intervals%2C%20target_range%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(colnames%2C%20file_import%2C%20mo%2C%20samples_import%2C%20target_range)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(not%20file_import.value%20or%20not%20samples_import.value)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%23%23%23%20%7B'%E2%96%B7'%20if%20any(%5Bnot%20i.value%20for%20i%20in%20colnames%5D)%20else%20'%E2%9C%85'%7D%20Configure%20Imports%5CnColumns%20in%20sample-concentration%20file%3A%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(colnames%2C%20justify%3D%22start%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22Target%20genomic%20size%20range%20for%20the%20samples%3A%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_range%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(colnames%2C%20file_import%2C%20samples_import)%3A%0A%20%20%20%20imports_finished%20%3D%20not%20samples_import.value%20or%20any(%5Bnot%20i.value%20for%20i%20in%20colnames%5D)%20or%20not%20file_import.value%0A%20%20%20%20return%20(imports_finished%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(colnames%2C%20df%2C%20imports_finished%2C%20mo%2C%20sampdf)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(imports_finished)%0A%20%20%20%20quants_df%20%3D%20sampdf%5B%5Bcolnames%5B0%5D.value%2C%20colnames%5B1%5D.value%5D%5D.rename(columns%3D%7Bcolnames%5B0%5D.value%3A%20'Sample%20ID'%2C%20colnames%5B1%5D.value%3A%20'concentration%20(ng%2F%C2%B5L)'%7D)%0A%0A%20%20%20%20lib_id%20%3D%20list(set(quants_df%5B'Sample%20ID'%5D))%0A%20%20%20%20id_err%20%3D%20False%0A%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sample_id%20%3D%20list(set(df%5B'Sample%20ID'%5D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20set(sample_id).intersection(set(lib_id))%20!%3D%20set(sample_id)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError%0A%20%20%20%20except%20ValueError%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20id_err%20%3D%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%2F%2F%2F%20error%7C%20Sample%20mismatch%5Cn%0A%20%20%20%20The%20sample%20concentration%20file%20does%20not%20contain%20the%20same%20samples%20as%20the%20smear%20analysis%20file.%20Samples%20in%20smear%20analysis%20missing%20in%20concentration%20file%3A%5Cn%5Cn%0A%20%20%20%20%7B'%5Cn%5Cn'.join(set(sample_id).difference(set(sample_id).intersection(set(lib_id))))%7D%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%22%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20id_err%2C%20quants_df%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20file_import%2C%20id_err%2C%20imports_finished%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(imports_finished%20or%20id_err)%0A%20%20%20%20mo.accordion(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22View%20Smear%20Data%22%3A%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20f%22%23%23%20Smear%20Analysis%5CnFile%3A%20**%7Bfile_import.value%5B0%5D.name%7D**%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20freeze_columns_left%3D%5B%22Sample%20ID%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_data_types%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selection%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pagination%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_height%3D200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20df%2C%0A%20%20%20%20id_err%2C%0A%20%20%20%20imports_finished%2C%0A%20%20%20%20intervals%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20pd%2C%0A%20%20%20%20process_sample%2C%0A%20%20%20%20quants_df%2C%0A%20%20%20%20target_range%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(imports_finished%20or%20id_err)%0A%0A%20%20%20%20n_rows%20%3D%20pd.DataFrame(df.groupby('Sample%20ID').size()%2Ccolumns%3D%5B'sample'%5D)%0A%0A%20%20%20%20df_with_conc%20%3D%20df.merge(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20quants_df%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20left_on%3D'Sample%20ID'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20right_on%3D'Sample%20ID'%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20how%3D%22left%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20calc_table%20%3D%20df_with_conc.groupby('Well'%2C%20sort%20%3D%20False).apply(lambda%20group%3A%20process_sample(group%2C%20target_range.value%2C%20intervals)%2C%20include_groups%3DFalse)%0A%20%20%20%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20calc_table%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pagination%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selection%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_data_types%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20freeze_columns_left%20%3D%20%5B%22Sample%20ID%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20f%22%23%23%20Scaled%20Concentrations%5Cn%5CnThis%20table%20scales%20the%20concentrations%20you%20input%20above%20with%20the%20proportion%20of%20the%20sample%20with%20the%20target%20%60Range%60%20**%7Btarget_range.value%7D**%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(calc_table%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(id_err%2C%20imports_finished%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(imports_finished%20or%20id_err)%0A%0A%20%20%20%20mo.md(%22----%5Cn%23%23%20Model%20and%20Scale%5CnUsing%20the%20data%20above%2C%20we%20can%20create%20a%20fitted%20model%20(non-linear%20least%20squares%20via%20log(x))%20that%20will%20help%20scale%20the%20concentrations%20of%20the%20other%20libraries%20made%20alongside%20these%20that%20were%20not%20submitted%20for%20fragment%20analysis.%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20LinearRegression%2C%0A%20%20%20%20calc_table%2C%0A%20%20%20%20id_err%2C%0A%20%20%20%20imports_finished%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20quants_df%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(imports_finished%20or%20id_err)%0A%0A%20%20%20%20x%20%3D%20np.log(calc_table%5B%22Sample%20ng%2F%C2%B5L%22%5D.values).reshape(-1%2C%201)%0A%20%20%20%20y%20%3D%20calc_table%5B%22Corrected%20ng%2F%C2%B5L%22%5D.values%0A%20%20%20%20nMy%20%3D%20calc_table%5B%22Est.%20nM%22%5D.values%0A%20%20%20%20Sizey%20%3D%20calc_table%5B%22Avg.Size%22%5D.values%0A%0A%20%20%20%20fit%20%3D%20LinearRegression().fit(x%2C%20y)%0A%20%20%20%20Molarityfit%20%3D%20LinearRegression().fit(x%2C%20nMy)%0A%20%20%20%20Sizefit%20%3D%20LinearRegression().fit(x%2C%20Sizey)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Predict%0A%20%20%20%20x_seq%20%3D%20quants_df%5B'concentration%20(ng%2F%C2%B5L)'%5D.values%0A%0A%20%20%20%20y_pred%20%3D%20fit.predict(np.log(x_seq).reshape(-1%2C%201))%0A%20%20%20%20rsq%20%3D%20f%22R%C2%B2%20%3D%20%7Bfit.score(x%2C%20y)%3A.3f%7D%22%0A%0A%20%20%20%20nMy_pred%20%3D%20Molarityfit.predict(np.log(x_seq).reshape(-1%2C%201))%0A%20%20%20%20nM_rsq%20%3D%20f%22R%C2%B2%20%3D%20%7BMolarityfit.score(x%2C%20nMy)%3A.3f%7D%22%0A%0A%20%20%20%20size_pred%20%3D%20Sizefit.predict(np.log(x_seq).reshape(-1%2C%201))%0A%20%20%20%20return%20nM_rsq%2C%20nMy_pred%2C%20rsq%2C%20size_pred%2C%20x_seq%2C%20y_pred%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20calc_table%2C%0A%20%20%20%20id_err%2C%0A%20%20%20%20imports_finished%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20nM_rsq%2C%0A%20%20%20%20nMy_pred%2C%0A%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20rsq%2C%0A%20%20%20%20x_seq%2C%0A%20%20%20%20y_pred%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(imports_finished%20or%20id_err)%0A%0A%20%20%20%20fig%2C%20axes%20%3D%20plt.subplots(2%2C1%2Csharex%3DTrue%2C%20figsize%3D(10%2C%205))%0A%0A%20%20%20%20%23%20Plot%20on%20the%20first%20axes%0A%20%20%20%20axes%5B0%5D.set_title(f%22Concentration%20(%7Brsq%7D)%22)%0A%20%20%20%20axes%5B0%5D.scatter(calc_table%5B%22Sample%20ng%2F%C2%B5L%22%5D%2C%20calc_table%5B%22Corrected%20ng%2F%C2%B5L%22%5D%2C%20color%3D%22black%22%2C%20label%3D%22Frag%20Data%22)%0A%20%20%20%20axes%5B0%5D.scatter(x_seq%2C%20y_pred%2C%20facecolors%3D'none'%2C%20edgecolors%3D'dodgerblue'%2C%20label%3D%22Modeled%20Libraries%22)%0A%20%20%20%20axes%5B0%5D.set_xlabel(%22Sample%20ng%2F%C2%B5L%22)%0A%20%20%20%20axes%5B0%5D.set_ylabel(%22Corrected%20ng%2F%C2%B5L%22)%0A%20%20%20%20axes%5B0%5D.set_ylim(0%2C%20None)%0A%20%20%20%20axes%5B0%5D.legend()%0A%0A%20%20%20%20%23%20Plot%20on%20the%20second%20axes%0A%20%20%20%20axes%5B1%5D.set_title(f%22Molarity%20(%7BnM_rsq%7D)%22)%0A%20%20%20%20axes%5B1%5D.scatter(calc_table%5B%22Sample%20ng%2F%C2%B5L%22%5D%2C%20calc_table%5B%22Est.%20nM%22%5D%2C%20color%3D%22black%22%2C%20label%3D%22Frag%20Data%22)%0A%20%20%20%20axes%5B1%5D.scatter(x_seq%2C%20nMy_pred%2C%20facecolors%3D'none'%2C%20edgecolors%3D'darkseagreen'%2C%20label%3D%22Modeled%20Libraries%22)%0A%20%20%20%20axes%5B1%5D.set_xlabel(%22Sample%20ng%2F%C2%B5L%22)%0A%20%20%20%20axes%5B1%5D.set_ylabel(%22Estimated%20nM%22)%0A%20%20%20%20axes%5B1%5D.set_ylim(0%2C%20None)%0A%20%20%20%20axes%5B1%5D.legend()%0A%0A%20%20%20%20%23%204.%20Use%20tight_layout%20to%20prevent%20label%20overlap%0A%20%20%20%20plt.tight_layout()%0A%20%20%20%20plt.gcf()%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(nMy_pred%2C%20pd%2C%20quants_df%2C%20size_pred%2C%20x_seq%2C%20y_pred)%3A%0A%20%20%20%20def%20warn_cell(row_id%2C%20column_name%2C%20value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20row_id%20is%20a%20string%20index%3B%20look%20up%20the%20target%20column%20value%20for%20this%20row%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20row_val%20%3D%20frag_scaled_concs.iloc%5Bint(row_id)%5D%5B%22Frag-Corrected%20ng%2F%C2%B5L%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20isinstance(row_val%2C%20(int%2C%20float))%20and%20row_val%20%3C%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%22backgroundColor%22%3A%20%22lightcoral%22%2C%20%22color%22%3A%20%22white%22%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20(ValueError%2C%20KeyError%2C%20IndexError)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20frag_scaled_concs%20%3D%20pd.DataFrame(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Sample%22%20%3A%20quants_df%5B'Sample%20ID'%5D.values%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Quant%20ng%2F%C2%B5L%22%3A%20x_seq%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Frag-Corrected%20ng%2F%C2%B5L%22%20%3A%20y_pred.round(2)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Average%20Fragment%20Size%22%3A%20size_pred.round()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Estimated%20nM%22%20%3A%20nMy_pred.round(2)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20frag_scaled_concs%2C%20warn_cell%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(frag_scaled_concs%2C%20mo%2C%20warn_cell)%3A%0A%20%20%20%20dropouts%20%3D%20sum(%5Bi%20%3C%3D%200%20for%20i%20in%20frag_scaled_concs%5B%22Frag-Corrected%20ng%2F%C2%B5L%22%5D.values%5D)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22Obvious%20dropouts%3A%20**%7Bdropouts%7D**%20(highlighted%20in%20red)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20frag_scaled_concs%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20page_size%20%3D%2024%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_data_types%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20style_cell%3Dwarn_cell%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A