GTF summarizer

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.13%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%3E%3D0.22.0%22%2C%0A%23%20%20%20%20%20%22pandas%3D%3D2.3.3%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.22.0%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20gzip%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20from%20itertools%20import%20batched%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20os%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20re%0A%20%20%20%20pd.options.mode.copy_on_write%20%3D%20True%0A%20%20%20%20return%20batched%2C%20gzip%2C%20io%2C%20mo%2C%20pd%2C%20re%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20file_import%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22area%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%20%3D%20%5B%22.gtf%22%2C%20%22.GTF%22%2C%20%22.gtf.gz%22%2C%20%22.GTF.gz%22%2C%20%22.GTF.GZ%22%2C%20%22.gff%22%2C%20%22.GFF%22%2C%20%22.gff.gz%22%2C%20%22.GFF.gz%22%2C%20%22.GFF.GZ%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Drag%20and%20drop%20the%20GTF%20file%20here%2C%20or%20click%20to%20open%20file%20browser.%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_size%20%3D%20%202000000000%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(file_import%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.sidebar(%5Bmo.md('%23%20GTF%20Summarizer%5CnThe%20maximum%20file%20size%20is%202GB.%20If%20your%20file%20is%20larger%20than%202GB%2C%20you%20can%20try%20to%20gz-compress%20the%20file%20to%20shrink%20it.')%2C%20file_import%5D%2C%20footer%20%3D%20mo.md('%3Cimg%20src%3D%22public%2Fgih_logo.png%22%20width%3D%22200%22%20%2F%3E%5Cn%5CnMade%20with%20%E2%9D%A4%EF%B8%8F%20for%20%F0%9F%A7%AC'))%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(re)%3A%0A%20%20%20%20def%20parse_attributes(text)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Process%20the%20attributes%20column%20of%20a%20GTF%20file%20and%20correctly%20assign%20key-value%20pairs%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20result%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Find%20all%20key%20followed%20by%20one%20or%20more%20quoted%20values%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pattern%20%3D%20r'(%5Cw%2B)%5Cs%2B((%3F%3A%22%5B%5E%22%5D%2B%22%5Cs*)%2B)'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20match%20in%20re.finditer(pattern%2C%20text)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%20%3D%20match.group(1)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20values_str%20%3D%20match.group(2)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Extract%20all%20quoted%20values%20for%20this%20key%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20values%20%3D%20re.findall(r'%22(%5B%5E%22%5D%2B)%22'%2C%20values_str)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Store%20as%20single%20value%20or%20list%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20result%5Bkey%5D%20%3D%20values%5B0%5D%20if%20len(values)%20%3D%3D%201%20else%20%22%2C%20%22.join(values)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20result%0A%0A%20%20%20%20return%20(parse_attributes%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20gzip%2C%20io%2C%20mo%2C%20parse_attributes%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20wait_text%20%3D%20%22%22%22%2F%2F%2F%20admonition%7C%20Input%20file%20required.%5Cn%5CnCannot%20proceed%20until%20a%20file%20is%20uploaded%5Cn%2F%2F%2F%22%22%22%0A%20%20%20%20mo.stop(not%20file_import.value%2C%20mo.md(wait_text))%0A%0A%20%20%20%20if%20file_import.name().lower().endswith(%22.gz%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20infile%20%3D%20gzip.open(io.BytesIO(file_import.contents())%2C%20%22r%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20infile%20%3D%20io.BytesIO(file_import.contents())%0A%0A%20%20%20%20df%20%3D%20pd.read_csv(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20infile%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20delimiter%3D%22%5Ct%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20header%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20comment%20%3D%20%22%23%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20skip_blank_lines%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20names%20%3D%20%5B%22seqname%22%2C%20%22source%22%2C%20%22feature%22%2C%20%22start%22%2C%20%22end%22%2C%20%22score%22%2C%20%22strand%22%2C%20%22frame%22%2C%20%22attribute%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20converters%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22attribute%22%20%3A%20parse_attributes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20df.insert(8%2C%20'gene%20id'%2C%20%5Bi%5B%22gene_id%22%5D%20for%20i%20in%20df%5B'attribute'%5D%5D)%0A%20%20%20%20for%20j%20in%20df%5B'attribute'%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20del%20j%5B%22gene_id%22%5D%0A%0A%20%20%20%20_generows%20%3D%20(df%5B'feature'%5D%20%3D%3D%20'gene').sum()%0A%20%20%20%20mdtext%20%3D%20f%22Input%20file%20%60%7Bfile_import.value%5B0%5D.name%7D%60%20has%20**%7B_generows%7D%20gene%20feature%20rows**.%20Showing%20the%20first%205%20rows.%22%22%22%0A%20%20%20%20mo.ui.table(df.head()%2C%20show_data_types%3DFalse%2C%20label%20%3D%20mdtext)%0A%20%20%20%20return%20(df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(df%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20allkey%20%3D%20set()%0A%20%20%20%20for%20a1%20in%20df%5B'attribute'%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5Ballkey.add(str(a2))%20for%20a2%20in%20a1%5D%0A%20%20%20%20allkeys%20%3D%20sorted(allkey)%0A%20%20%20%20switches%20%3D%20mo.ui.array(%5Bmo.ui.switch(label%3Db1)%20for%20b1%20in%20allkeys%5D)%0A%20%20%20%20button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%20%3D%20%22Generate%20output%20table%22)%0A%20%20%20%20return%20allkeys%2C%20button%2C%20switches%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(batched%2C%20mo%2C%20switches)%3A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%23%23%20Summary%20Table%5CnThe%20table%20below%20summarizes%20across%20unique%20%60gene_id%60%20values%20and%20reports%20the%20%60start%60%2F%60end%60%20positions%20that%20corrspond%20to%20the%20information%20in%20the%20%60gene%60%20rows%20(of%20the%20%60feature%60%20column).%20It%20includes%20columns%20consolidating%20unique%20values%20for%20the%20attribute%20names%20selected%20by%20switching%20the%20toggles%20you%20see%20below.%20Once%20you%20select%20the%20attributes%20you%20want%2C%20press%20the%20%5C%22**Generate%20output%20table**%5C%22%20button%20below%20to%20create%20the%20table%20(this%20is%20done%20to%20avoid%20recomputing%20the%20table%20each%20time%20an%20attribute%20is%20selected).%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmo.vstack(z%2C%20gap%20%3D%200.05)%20for%20z%20in%20batched(switches%2C%20len(switches)%20%2F%2F%203%20%2B%201)%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(allkeys%2C%20button%2C%20df%2C%20mo%2C%20pd%2C%20switches)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(not%20button.value%2C%20output%20%3D%20button.center())%0A%20%20%20%20selected_attributes%20%3D%20%5Bi%20for%20idx%2Ci%20in%20enumerate(allkeys)%20if%20switches.value%5Bidx%5D%5D%0A%20%20%20%20generows%20%3D%20df%5Bdf%5B'feature'%5D%20%3D%3D%20'gene'%5D.iloc%5B%3A%2C%20%5B8%2C0%2C3%2C4%2C6%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20user_defined_cols%20%3D%20df.groupby('gene%20id').apply(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lambda%20x%3A%20pd.Series(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20key%3A%20'%3B'.join(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sorted(set(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20str(d%5Bkey%5D)%20for%20d%20in%20x%5B'attribute'%5D%20if%20key%20in%20d%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20key%20in%20selected_attributes%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_groups%3DFalse%0A%20%20%20%20).reset_index()%0A%0A%20%20%20%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20generows.merge(user_defined_cols%2C%20on%3D'gene%20id'%2C%20how%3D'left')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Summary%20Table%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20page_size%20%3D%2020%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_data_types%3DFalse%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A