DNA Dilution Calculator

%23%20%2F%2F%2F%20script%0A%23%20requires-python%20%3D%20%22%3E%3D3.12%22%0A%23%20dependencies%20%3D%20%5B%0A%23%20%20%20%20%20%22marimo%3E%3D0.22.0%22%2C%0A%23%20%5D%0A%23%20%2F%2F%2F%0A%0Aimport%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.22.0%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22full%22%2C%20app_title%3D%22DNA%20Dilution%20Calculator%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20copy%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20from%20math%20import%20modf%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%20%20%20%20import%20re%0A%20%20%20%20import%20string%0A%0A%20%20%20%20return%20copy%2C%20io%2C%20mo%2C%20modf%2C%20np%2C%20pd%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20define%20UI%20elements%0A%0A%20%20%20%20file_import%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22area%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%20%3D%20%5B%22.csv%22%2C%20%22.CSV%22%2C%20%22.Csv%22%2C%20%22.txt%22%2C%20%22.TXT%22%2C%20%22.tsv%22%2C%20%22.TSV%22%5D%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20start_ul%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%20%3D%2025%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_input%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Input%20volume%20(ul)%20of%20stock%20DNA%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20target_ng%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%205%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%20%3D%2010%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_input%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Target%20concentration%20(ng%2Ful)%20of%20DNA%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20target_ul%20%3D%20mo.ui.slider(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%205%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stop%20%3D%2020%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20step%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20include_input%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20full_width%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Min.%20required%20ul%20of%20diluted%20DNA%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%20%20%20%20headers%20%3D%20mo.ui.switch(value%3D%20True%2C%20label%20%3D%20%22file%20has%20column%20headers%22)%0A%0A%20%20%20%20example_file%20%3D%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%7CWell%2CSample%2Cng%2FuL%7C%0A%20%20%20%20%7C%3A----%7C%0A%20%20%20%20%7CA1%2Csample_1%2C0.4294%7C%0A%20%20%20%20%7CA2%2Csample_2%2C0.0312%7C%0A%20%20%20%20%7CA3%2Csample_3%2C2.4305%7C%0A%20%20%20%20%7CA4%2Csample_4%2C0.6945%7C%0A%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20example_file%2C%20file_import%2C%20headers%2C%20start_ul%2C%20target_ng%2C%20target_ul%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(copy%2C%20df%2C%20modf%2C%20pd%2C%20start_ul%2C%20target_ng%2C%20target_ul)%3A%0A%20%20%20%20%23%20define%20functions%0A%20%20%20%20def%20parse_well(well)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''Function%20to%20parse%20well%20notation%20(handles%20both%20A1%20and%20A01%20as%20column%201)'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20row%20%3D%20well%5B0%5D%20%20%23%20First%20character%20is%20the%20row%20(A-H)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20col%20%3D%20str(int(well%5B1%3A%5D))%20%20%23%20Remaining%20characters%20are%20the%20column%20number%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20row%2C%20col%0A%0A%20%20%20%20def%20style_cell(rowId%2C%20columnName%2C%20value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''Only%20style%20cells%20in%20the%20diluent%20column%20where%20value%20%3C%200'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20columnName%20%3D%3D%20'diluent%20(ul)'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20value%20%3C%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22backgroundColor%22%3A%20%22lightcoral%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color%22%3A%20%22darkred%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fontWeight%22%3A%20%22bold%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20%20value%20%3E%20(190%20-%20start_ul.value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22backgroundColor%22%3A%20%22black%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color%22%3A%20%22white%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fontWeight%22%3A%20%22bold%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20(value%20%2B%20start_ul.value)%20%3C%20target_ul.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22backgroundColor%22%3A%20%22orange%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color%22%3A%20%22brown%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fontWeight%22%3A%20%22bold%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20style_well(rowId%2C%20columnName%2C%20value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''Only%20style%20cells%20where%20value%20is%20%3C0%20or%20%3E190'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20columnName%20!%3D%20'row'%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20value%20%3C%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22backgroundColor%22%3A%20%22lightcoral%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color%22%3A%20%22darkred%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fontWeight%22%3A%20%22bold%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20%20value%20%3E%20(190%20-%20start_ul.value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22backgroundColor%22%3A%20%22black%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color%22%3A%20%22white%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fontWeight%22%3A%20%22bold%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20(value%20%2B%20start_ul.value)%20%3C%20target_ul.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22backgroundColor%22%3A%20%22orange%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22color%22%3A%20%22brown%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22fontWeight%22%3A%20%22bold%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20recalc_dilution(updated_df)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''callback%20function%20for%20editable%20dataframe'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20updated_df%5B'diluent%20(ul)'%5D%20%3D%20round(((updated_df%5B'ng%2Ful'%5D%20*%20updated_df%5B'ul%20DNA'%5D)%20%2F%20target_ng.value)%20-%20updated_df%5B'ul%20DNA'%5D%2C%202)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20updated_df%5B'total%20volume%20(ul)'%5D%20%3D%20round(updated_df%5B'diluent%20(ul)'%5D%20%2B%20start_ul.value%2C%201)%0A%0A%20%20%20%20def%20table_to_plate(input_table)%20-%3E%20pd.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''convert%20long-form%20table%20into%2096-well%20plate%20format%20dataframe'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df_copy%20%3D%20copy.copy(input_table)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Extract%20row%20and%20column%20from%20well%20notation%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df_copy%5B'row'%5D%20%3D%20df%5B'well'%5D.apply(lambda%20x%3A%20parse_well(x)%5B0%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df_copy%5B'col'%5D%20%3D%20df%5B'well'%5D.apply(lambda%20x%3A%20parse_well(x)%5B1%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Create%20the%20transposed%20table%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plate_layout%20%3D%20df_copy.pivot(index%3D'row'%2C%20columns%3D'col'%2C%20values%3D'diluent%20(ul)')%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Ensure%20all%20rows%20A-H%20and%20columns%201-12%20exist%20(fill%20missing%20with%200)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20all_rows%20%3D%20%5B'A'%2C%20'B'%2C%20'C'%2C%20'D'%2C%20'E'%2C%20'F'%2C%20'G'%2C%20'H'%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20all_cols%20%3D%20%5Bstr(i)%20for%20i%20in%20range(1%2C%2013)%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20plate_layout.reindex(index%3Dall_rows%2C%20columns%3Dall_cols).fillna(0)%0A%0A%20%20%20%20def%20mantis_round(x)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Given%20a%20input%20integer%20or%20float%2C%20return%20a%20list%20of%20%60%5Binteger%2C%20decimal%5D%60%2C%20e.g.%20%604.2%60%20-%3E%20%60%5B4%2C0.2%5D%60.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%20%60%5B0%2C0%5D%60%20if%20%60x%60%20%3C%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20x%20%3C%200%20or%20x%20%3E%20(190%20-%20start_ul.value)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5B0%2C0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20b%2Ca%20%3D%20modf(x)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_b%20%3D%20round(b%2C%201)%20if%20b%20%3E%200%20else%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5Bint(a)%2C%20_b%5D%0A%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mantis_round%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20recalc_dilution%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20style_cell%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20style_well%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20table_to_plate%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(file_import%2C%20headers%2C%20mo%2C%20start_ul%2C%20target_ng%2C%20target_ul)%3A%0A%20%20%20%20mo.sidebar(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%23%20DNA%20Dilutions%20Calculator'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%5CnThis%20worksheet%20takes%20your%20DNA%20concentrations%20and%20formats%20the%20water%20volumes%20for%20a%20dilution%20plate.'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20file_import%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20headers%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start_ul%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20target_ng%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20target_ul%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20footer%20%3D%20mo.md('%3Cimg%20src%3D%22public%2Fgih_logo.png%22%20width%3D%22200%22%20%2F%3E%5Cn%5CnMade%20with%20%E2%9D%A4%EF%B8%8F%20for%20%F0%9F%A7%AC')%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Import%20Data%0A%20%20%20%20Use%20the%20file%20importer%20in%20the%20left%20sidebar%20to%20load%20the%20data%20from%20a%20comma%20or%20whitespace%20delimited%20(CSV%2FTSV)%20file.%20At%20minimum%2C%20the%20file%20needs%20a%20column%20of%20well%20ID's%20(e.g.%20%60A2%60)%2C%20sample%20names%2C%20and%20concentration%20(ng%2Ful).%20Wells%20can%20be%20in%201%20or%202%20digit%20form%20(e.g.%20%60A1%60%20and%20%60A01%60%20are%20both%20valid).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(example_file%2C%20file_import%2C%20headers%2C%20io%2C%20mo%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20not%20file_import.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%22%22%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%20admonition%7C%20Input%20file%20required%0A%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%20details%20%7C%20%F0%9F%94%8D%EF%B8%8E%20Example%20input%0A%20%20%20%20%7Bexample_file%7D%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%0A%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20pd.read_table(io.BytesIO(file_import.value%5B0%5D.contents)%2C%20header%3D%200%20if%20headers.value%20else%20None%2C%20engine%3D'python'%2C%20sep%3DNone)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df.columns%20%3D%20%5Bi.lower()%20for%20i%20in%20df.columns%5D%0A%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20is_err%20%3D%20True%0A%20%20%20%20%20%20%20%20err_md%20%3D%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%20error%7C%20Invalid%20input%20file%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20The%20%60pandas%60%20parser%20failed%20to%20read%20the%20input%20file.%20Please%20check%20that%20it%20conforms%20to%20a%20tabular%20comma%20or%20whitespace%20(tab%2Fspace)%20delimited%20file.%20The%20first%20200%20bytes%20of%20the%20uploaded%20file%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20err%20%3D%20mo.vstack(%5Berr_md%2C%20mo.md(f%22%60%60%60%5Cn%7Bfile_import.value%5B0%5D.contents%5B%3A200%5D%7D%5Cn%60%60%60%22)%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.stop(is_err%2C%20err)%0A%0A%20%20%20%20colnames%20%3D%20mo.ui.array(%5Bmo.ui.dropdown(options%3Dlist(df.columns)%2C%20label%3Df%22%7Bi%7D%20column%22)%20for%20i%20in%20%5B'well'%2C'sample%20ID'%2C%20'concentration'%5D%5D)%0A%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22Please%20select%20the%20columns%20in%20your%20input%20file%20to%20map%20as%20well%2C%20sample%20ID%2C%20and%20concentration%20columns%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(df.head(3)%2C%20selection%20%3D%20None%2C%20show_column_summaries%3DFalse%2C%20show_data_types%3DFalse%2C%20show_download%20%3D%20False)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(colnames)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20colnames%2C%20df%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(colnames%2C%20df%2C%20mo%2C%20start_ul%2C%20target_ng)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20any(%5Bnot%20i.value%20for%20i%20in%20colnames%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%20admonition%7C%20Map%20input%20columns%20to%20continue%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2F%2F%2F%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20df_clean%20%3D%20df%5B%5Bi.value%20for%20i%20in%20colnames%5D%5D%0A%20%20%20%20df_clean.columns%20%3D%20%5B'well'%2C%20'sample'%2C%20'ng%2Ful'%5D%0A%20%20%20%20df_clean%5B'ul%20DNA'%5D%20%3D%20start_ul.value%0A%20%20%20%20df_clean%5B'diluent%20(ul)'%5D%20%3D%20round(((df_clean%5B'ng%2Ful'%5D%20*%20df_clean%5B'ul%20DNA'%5D)%20%2F%20target_ng.value)%20-%20df_clean%5B'ul%20DNA'%5D%2C%201)%0A%20%20%20%20df_clean%5B'total%20volume%20(ul)'%5D%20%3D%20round(df_clean%5B'diluent%20(ul)'%5D%20%2B%20start_ul.value%2C%201)%0A%20%20%20%20return%20(df_clean%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(colnames%2C%20df_clean%2C%20file_import%2C%20mo%2C%20recalc_dilution)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(not%20file_import.value%20or%20(any(%5Bnot%20i.value%20for%20i%20in%20colnames%5D)))%0A%20%20%20%20input_text%20%3D%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Input%20Volume%0A%20%20%20%20Use%20the%20slider%20on%20the%20left%20to%20set%20a%20fixed%20input%20volume%20or%20the%20table%20editor%20in%20the%20dropdown%20below%20to%20modify%20the%20input%20DNA%20volume%20%20per%20sample.%20The%20changes%20will%20be%20reflected%20in%20the%20final%20output%20tables.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%0A%20%20%20%20editor%20%3D%20mo.ui.data_editor(df_clean%2C%20editable_columns%3D%5B'ul%20DNA'%5D%2C%20on_change%3Drecalc_dilution)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20input_text%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.accordion(%7B%22Variable%20Volumes%22%20%3A%20editor%7D)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%20%20%20%20return%20(editor%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(editor%2C%20mo%2C%20style_cell)%3A%0A%20%20%20%20output_table%20%3D%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20editor.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_data_types%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pagination%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_download%3DTrue%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20style_cell%20%3D%20style_cell%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Dilution%20Values%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(output_table%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(colnames%2C%20file_import%2C%20mo%2C%20target_ng%2C%20target_ul)%3A%0A%20%20%20%20mo.stop(not%20file_import.value%20or%20(any(%5Bnot%20i.value%20for%20i%20in%20colnames%5D)))%0A%20%20%20%20mo.md(fr%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Resulting%20DNA%20Dilutions%0A%20%20%20%20-%20%3Cstrong%20style%3D%22background-color%3Alightcoral%3Bcolor%3Adarkred%3B%22%3ERed%3C%2Fstrong%3E%20highlighted%20wells%20have%20a%20starting%20concentration%20below%20the%20target%20diluted%20concentration%20of%20**%7Btarget_ng.value%7Dul**%0A%20%20%20%20-%20%3Cstrong%20style%3D%22background-color%3Aorange%3Bcolor%3Abrown%3B%22%3EOrange%3C%2Fstrong%3E%20highlighted%20wells%20have%20a%20final%20volume%20below%20the%20target%20minimum%20volume%20of%20**%7Btarget_ul.value%7Dul**%0A%20%20%20%20-%20%3Cstrong%20style%3D%22background-color%3Ablack%3Bcolor%3Awhite%3B%22%3EBlack%3C%2Fstrong%3E%20highlighted%20wells%20have%20a%20final%20volume%20greater%20than%20**190ul**%2C%20which%20would%20be%20the%20maximum%20volume%20a%20standard%2096-well%20microplate%20can%20hold%20without%20issues%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(editor%2C%20mo%2C%20start_ul%2C%20style_well%2C%20table_to_plate)%3A%0A%20%20%20%20plate_fmt%20%3D%20mo.ui.table(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20table_to_plate(editor.value)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_data_types%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20selection%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pagination%20%3D%20False%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_column_summaries%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_download%20%3D%20True%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20style_cell%20%3D%20style_well%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20f%22Microliters%20(**ul**)%20of%20diluent%20to%20add%20to%20**%7Bstart_ul.value%7Dul**%20of%20DNA%20(unless%20manually%20modified)%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(plate_fmt%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mantis_round%2C%20mo%2C%20np%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20def%20format_mantis(arr)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20res%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20np.array_split(arr%2C%208)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20res.append(%22%5Ct%22.join(str(i)%20for%20i%20in%20row))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%5Cr%5Cn%22.join(res)%0A%0A%20%20%20%20def%20download_mantis(input%3A%20pd.DataFrame)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile%20%3D%20%5B%22%5B%20Version%3A%205%20%5D%22%2C%20%22AB0800-96well-on-silver-metal-base.pd.txt%22%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20high_reagent%20%3D%20%22Wash%20%2B%20T%20HV%5Ct%5CtNormal%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20low_reagent%20%3D%20%22Wash%20%2B%20T%20LV%5Ct%5CtNormal%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20high_vec%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20high_tracks%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20res_low%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20r%20in%20input.itertuples(index%20%3D%20False)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20low_chip%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20high_chip%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%20in%20r%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20vals%20%3D%20mantis_round(i)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20high_chip.append(vals%5B0%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20low_chip.append(str(vals%5B1%5D))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20high_vec%20%2B%3D%20high_chip%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20res_low%20%20%2B%3D%20%22%5Ct%22.join(low_chip)%20%2B%20%22%5Cr%5Cn%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20track_vol%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cutoff%20%3D%20850%0A%20%20%20%20%20%20%20%20allwells%20%3D%20%5B0%5D%20*%2096%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%2Cwell_vol%20in%20enumerate(high_vec)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20track_vol%20%2B%3D%20well_vol%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20track_vol%20%3E%3D%20cutoff%20or%20i%20%3D%3D%2095%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20high_tracks.append(format_mantis(allwells))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20reset%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20track_vol%20%3D%20well_vol%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20allwells%20%3D%20%5B0%5D%20*%2096%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20allwells%5Bi%5D%20%3D%20well_vol%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(%225%5Ct0%5Ct%5Ct%22%20%2B%20%22%5Ct%5Ct%22.join(%5B%22U%22%5D%20*%20len(high_tracks))%20%2B%20%22%5Ct%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(%221%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(%225%5Ct0%5Ct%5Ct%22%20%2B%20%22%5Ct%5Ct%22.join(%5B%220%22%5D%20*%20len(high_tracks))%20%2B%20%22%5Ct%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20i%20in%20high_tracks%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(high_reagent)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(%22Well%5Ct1%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(i)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(low_reagent)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(%22Well%5Ct1%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(res_low)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20outfile.append(%22%5Cr%5Cn%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20mo.download(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%3D(%22%5Cr%5Cn%22.join(outfile)).encode(%22utf-8%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20filename%3D%22manits.dilution.dl.txt%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mimetype%3D%22text%2Fplain%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Download%20Mantis%20config%22%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%20(download_mantis%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(download_mantis%2C%20mo%2C%20output_table%2C%20plate_fmt)%3A%0A%20%20%20%20mantis_dl%20%3D%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20download_mantis(plate_fmt.data)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(%22Use%20the%20button%20above%20to%20download%20the%20dilution%20plate%20as%20a%20Mantis%20configuration%20file.%20The%20configuration%20sets%20up%20a%20series%20of%20steps%20for%20the%20high-volume%20chip%20to%20dispense%20the%20diluent%20up%20to%20the%20integer%20value%20of%20the%20volume%20(e.g.%20%6040%60%20of%20%6040.1%60%20ul).%20The%20high%20volume%20step%20will%20be%20separated%20into%20smaller%20steps%20to%20make%20sure%20the%20total%20dispensed%20volume%20does%20not%20exceed%20850ul%20so%20that%20the%20diluent%20can%20be%20topped%20off%20and%20proceed%20to%20the%20next%20series%20of%20wells.%20The%20final%20step%20uses%20the%20low-volume%20chip%20to%20dispense%20the%20diluent%20for%20the%20remaining%20%3C1ul%20volume%20(e.g.%20%600.1%60%20of%20%6040.1%60%20ul).%20Negative%20values%20and%20values%20with%20total%20expected%20volumes%20%3E%20%60190%60%20will%20be%20replaced%20with%20%600%60.%22)%0A%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20mo.ui.tabs(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22Plate%20View%22%3A%20mo.vstack(%5Bplate_fmt%2C%20mantis_dl%5D)%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Table%20View%22%3A%20output_table%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22Dilution%20Values%22%2C%20lazy%20%3D%20True%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A